De très rares intolérances aux glucides ont été observées lors de maladies génétiques caractérisées par l'absence des enzymes nécessaires au métabolisme des glucides, chez certaines ethnies telles que les esquimaux, ainsi que chez les personnes qui sont atteintes de maladies digestives ou qui souffrent d'altérations du transit digestif ou des fonctions intestinales, notamment après des interventions chirurgicales portant sur l'appareil digestif. Certains sujets qui pensent souffrir d’une intolérance aux glucides, souffrent en réalité de fermentation intestinale, les produits de la fermentation étant à l’origine des douleurs ressenties. Concernant les allergies, les glucides ne peuvent pas provoquer théoriquement de réactions allergiques puisqu'ils ne contiennent pas de protéines. Ils n'induisent donc pas de réaction antigène-anticorps. La revue de la littérature médicale réalisée par la Food and Drug Administration n'a pas relevé d'observations d'allergie aux glucides. Ainsi la consommation des glucides par des personnes en bonne santé ne provoque ni intolérance ni allergie.